São diretrizes da Política de Saúde Indígena: organizar o subsistema de saúde dos povos indígenas, no âmbito do SUS, sob a forma de Distrito Sanitário Especial Indígena – Dsei; assegurar ações de atenção básica nas aldeias; criar mecanismos de participação social por intermédio de conselhos distritais e locais; respeitar os aspectos etno-culturais dos povos indígenas; operacionalizar as ações de saúde dos povos indígenas, preferencialmente, por intermédio de órgãos e entidades públicas e privadas que detenham experiência no setor.